个人所得税年底退税根本原因是其上一年度缴纳的税额超过了应该缴纳的金额，个人所得税采取的是预缴纳，故此会出现多缴、少缴的情形，通常年底时税务机构会核实需要缴纳的税额，然后多退少补。
个人所得税年底退税的主要原因：
1、上一年度综合所得年收入额不足6万元，但平时预缴过个人所得税的；
2、上一年度有符合享受条件的专项附加扣除，但预缴税款时没有申报扣除的；
3、因年中就业、退职或者部分月份没有收入等原因，减除费用6万元、“三险一金”等专项扣除、子女教育等专项附加扣除、企业职业年金以及商业健康保险、税收递延型养老保险等扣除不充分的；
4、没有任职受雇单位，仅取得劳务报酬、稿酬、特许权使用费所得，需要通过年度汇算税前扣除的；
5、纳税人取得劳务报酬、稿酬、特许权使用费所得，年度中间适用的预扣率高于全年综罩猛合所得年适用税率的；
6、预缴税款时，未申报享受或者未足额享受综合所得税收优惠的，如残疾人减征个人所得税优惠等；
7、有符合条件的公益慈善事业捐赠支出，但预缴税款时未办理扣除的等等。
综上所述，对于月工资高于五千的职员，需要按照既定的税率缴纳税额，但是每年职员的收入不一定都会超过六万元，并且也可能会出现减免税额支付的情形，故此每年的年底都会对应该缴纳的税额进行核算，然后会按照多退少补原则来处理已经缴纳的税额。
【法律依据】：
《中华人民共和国个人所得税法》第十三条
纳税人取得应税所得没有扣缴义务人的，应当在取得所得的次月十五日内向税务机关报送纳税申报表，并缴纳税款。
纳税人取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款的，纳税人应当在取得所得的次年六月三十日前，缴纳税款；税务机关通知限期缴纳的，纳税人应当按照期限缴纳税款。
居民个人从中国境外取得所得的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内申报纳税。
非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得的，应当在取得所得的次月十五日内申报纳税。
纳税人因移居境外注销中国户籍的，应当在注销中国户籍前办理税款清算。
第十四条
扣缴义务人每月或者每次预扣、代扣的税款，应当在次月十五日内缴入敬粗国库，并向税务机关报送扣缴个人所得税申报表。
纳税人办理汇算清缴退税或者扣缴义务人为纳税此中人办理汇算清缴退税的，税务机关审核后，按照国库管理的有关规定办理退税。
